Como principio de este tema hemos escogido esta antífona de Sto. Tomás en la que podemos encontrar la triple significación que le da al banquete eucarístico: conmemora la pasión y resurrección del Salvador, significa el don actual de su gracia y anuncia la gloria futura. Por tanto hablaremos de la Eucaristía como representación del sacrificio de la cruz, como presencia real del cuerpo y la sangre de Cristo por medio de la conversión sustancial de los elementos y finalmente como anticipo y garantía del convite del Reino de Dios.

En primer lugar, para Sto. Tomás la Eucaristía es el acto de Cristo sacerdote que se hace presente como inmolación única y eficaz, porque sus actos salvíficos tienen una calidad perenne y son siempre simultáneos con todo tiempo. La misa es un sacrificio a causa de que conmemora y representa la inmolación insuperable de Cristo.

Se debe considerar lo que por medio de este sacramento es representado, que es la pasión de Cristo... Por eso los efectos que la pasión de Cristo hizo en el mundo, este sacramento los hace en el hombre.
Suma Teológica, III, q.75, a.1

La representación hace del efecto universal de Cristo una realidad efectiva en la vida personal de todos los que reciben la Eucaristía. Por medio del recuerdo litúrgico los ritos de la misa refiguran la pasión y la resurrección. Según Sto. Tomás el misterio pascual está presente en particular por la presentación distinta del cuerpo y de la sangre bajo las especies del pan y del vino: símbolo de la muerte violenta que priva al cuerpo de su sangre.

Santo Tomás muestra el sentido profundo y dinámico del recuerdo litúrgico, además da relieve a la acción personal de Jesús en la Eucaristía: El hace el pan y el vino partícipes verdaderos de su autodonación, de modo que la Iglesia se ofrece y es ofrecida con él al Padre, mediante los elementos que representan su sacrificio. Por la representación memorial el acontecimiento salvífico pasado asume una nueva presencia espacio-temporal aquí y ahora.

El siguiente paso en la explicación tomista de la Eucaristía es mostrar como la representación eficaz de la pasión y de la resurrección, su efecto en el cristiano, depende el hecho de que este sacramento mismo es un signo eficaz, un símbolo real que comunica el don de la gracia de Cristo de un modo enteramente especial.

Por los sentidos no se puede apreciar que estén en este sacramento el verdadero cuerpo y la sangre de Cristo, sino por la sola fe, que se apoya en la autoridad de Dios... Y esto es conveniente a la perfección de la nueva ley. Pues si los sacrificios de la vieja sólo contenían en figura el sacrificio de la pasión de Cristo... convino que tuviera algo más el sacrificio de la ley nueva, instituido por Cristo; es decir, que contuviera al mismo Cristo sacrificado, no sólo en significado o figura, sino también en realidad.
Suma Teológica, III, q.75, a.1

La afirmación fundamental es que Cristo está verdaderamente presente, aunque esta presencia es accesible sólo a la fe. La Eucaristía es un símbolo real porque Cristo mismo está en ella, se revela, existe y actúa en ella. La Eucaristía manifiesta y presenta la realidad primaria que significa: el cuerpo y la sangre de Cristo dado en sacrificio por los hombres y entrado en la gloria para su salvación. Pero Cristo está presente no según un modo físico o visible, sino según el modo y la fuerza de las cosas espirituales. Por eso Sto. Tomás habla de una presencia real según un modo espiritual.

Para explicar la conversión del pan y del vino eucarísticos, que sustenta la presencia real de Cristo, Sto. Tomás usa la teoría de la transubstanciación: Mientras permanecen los accidentes del pan y del vino es la substancia de éstos la que se transforma en la substancia del Cuerpo y Sangre de Cristo.

Lo que quiere Sto. Tomás con esta teoría es responder a una cuestión central en la teología eucarística: ¿Como unir de modo claro la realidad visible significante (el pan y el vino) y la realidad invisible significada (el cuerpo y la sangre de Cristo)? Según Tomás, las dos son preservadas en la enseñanza de la transubstanciación: Por una parte los accidentes del pan y del vino son los símbolos reales que significan la pasión y la resurrección de Cristo: lo que se ve es la realidad significante. Por otra parte lo que es invisible a los sentidos, la conversión del pan y del vino en el cuerpo y sangre de Cristo, sirve para conducir a los creyentes a la realidad significada, la presencia real de la persona del Salvador.

Sto. Tomás entiende por substancia una cosa o una persona examinada en su ser intrínseco, dotada de una unidad y de una consistencia propias, hecha abstracción de sus cualidades y propiedades diversas. Un hombre, compuesto de muchas sustancias diversas (Sangre, huesos, tejidos...) es siempre una sola substancia. Por tanto Sto. Tomás quiere decir que en la Eucaristía hay un cambio de substancias en el sentido de que el ser intrínseco del pan y del vino, una realidad metafísica, no experimentable por los sentidos e invisible, se convierte en el ser intrínseco del cuerpo y de la sangre de Cristo. El cuerpo de Cristo no puede ser tocado o comido en su especie propia, sino solo en las especies sacramentales que lo ocultan a nuestros ojos y nuestra experiencia sensible.

En este sacramento se pueden considerar aquel de quien procede el efecto, Cristo, en él contenido, y su pasión representada, y aquello por lo que el efecto se produce, el acto sacramental y sus especies. Por las dos cosas le compete conducir a la consecución de la vida eterna... La comida del alimento espiritual y la unidad significada en las especies de pan y vino se obtienen imperfectamente en el presente y de manera perfecta en el estado de gloria.
Suma Teológica, III, q.79, a.2

Sto. Tomás presenta dos aspectos de la Eucaristía como consecución de la gloria: (1) El acto redentor de Cristo, del cual la Eucaristía es el memorial sacramental, nos ha dado acceso a la gloria, y (2) sólo en el cielo serán plenamente realizadas la saciedad espiritual y la unidad eclesial que simbolizan las especies sacramentales. Por tanto el sacramento no tendrá plenamente su materia sino en el cumplimiento escatológico.

Se salva la tensión entre la presencia actual de la salvación (la saciedad de los deseos humanos por Dios y la unidad de la Iglesia son accesibles en el presente) y el todavía no (la entera saciedad y la unidad perfecta están reservadas a la visión beatífica). Así se toma en serio el aspecto escatológico de la Eucaristía como verdadero anticipo del banquete del Reino. No es solamente que este sacramento represente el convite del reino, sino que también ofrece una verdadera, aunque imperfecta, participación anticipada en él.

La teología eucarística de Sto. Tomás es testimonio de la progresiva cerrazón de la experiencia eucarística cristiana. Durante la Edad Media la reflexión y la piedad eucarísticas se van concentrando cada vez más en la relación individual de adoración que se establece entre el cristiano y Cristo. Esta es la razón de que la cuestión fundamental sea la presencia real de Cristo.

Pese a los méritos considerables de la teoría de la transubstanciación, en ella se manifiesta la rígida perspectiva del pensamiento medieval. Sto. Tomás, concentrándose enteramente en el pan y el vino sobre el altar, olvida la reciprocidad del misterio Iglesia-Eucaristía característica del pensamiento eucarístico anterior. Según Sto. Tomás la Iglesia es significada pero no contenida en la Eucaristía.

Sto. Tomás retoma muchas perspectivas bíblicas y patrísticas en su enseñanza eucarística, mientras clarifica la naturaleza del cambio de los elementos para llegar a un síntesis. El problema se plantea cuando, en la teología posterior, la idea de transubstanciación se convierte, junto con el sentido sacrificial, en el núcleo central y casi único de la teología eucarística. Esto provocó un cierre en la comprensión de la Eucaristía que durará hasta el siglo XX.